16년 전 처음으로 랩쳐 가 지상에 모습을 들어낸다. 이유 없는 학살 과 갑작스러운 공격에 인류는 잠시 휘청 거리지만 곧바로 반격에 나서게 된다

하지만 인간의 화력으로는 랩쳐 를 부수는 게 불가능했고 인류는 미사일을 이용해 랩쳐 들을 공격 한다

미사일에도 살아남은 랩쳐 들은 인간을 공격했고 살아남은 인간들이 전멸할 위기에 처한 순간 최초의 니케들 갓데스 스쿼드 가 만들어졌고 이들은

100퍼 센트 작전률 을 보여줄 만큼 뛰어난 활약을 보여줬다. 그렇게 살아남은 모든 인간들은 갓데스 스쿼드 가 있는 대피소 를 향했고 많은 인간들이 모여드는 만큼 랩쳐 또한 엄청난 숫자가 한곳에 몰려들었고 인류는 2차 3차 모집을 통해 인간병기 를 만들어 냈다

제 1차 랩쳐 침공 때 갓데스 스쿼드 와 많은 양산형 니케 들은 인간들을 위해 싸웠지만 결국 패배 하고 인류는 지상을 빼앗기게 된다.

그렇게 방주라는 지하에 살기 시작한 인간들은 자신들이 겪고 있는 상황을 모두 니케 탓으로 돌렸고 그들은 더 이상 인류를 구할 승리의 여신이 아닌 그저 도구에 지나지 않게 되어 버린다.

결국 참지 못한 갓데스 스쿼드 는 방주를 떠나버리고 양산형 니케 들 또한 그들을 따라 지상에 올라가려고 했으나 그것을 탈영으로 여긴 누군가 가 엘리베이터를 추락 시켰고 그곳에 있던 니케 들은 인간을 다치지 않게 하기 위해 모두 자폭하게 된다.

지상에 올라온 갓데스 는 인간이 없는 지상과 인간이 있는 방주를 보면서 인간이 필요한 존재인가? 생각을 하게 되고 그 결과 인간을 위한 세상 과 니케 를 위한 세상 대립이 일어나게 된다. 갓데스 스쿼드 에서 가장 강한 힘을 가진 릴리스 가 가장 먼저 니케 를 위한 세상을 만들겠다고 떠나버리고 그 뒤를 이어 도로시 와 레드후드 마저 사라지게 되고 남은 세명의 니케 는 자신들을 필그림 이라고 칭하며 역사 속에서 사라지게 된다

그로부터 10년 후 인류가 진화 하듯이 랩쳐 는 계속 진화를 해왔고 급기야 지능을 가진 랩쳐 들과 니케 의 신체를 이용해 자신들을 만들어 내는 물체 까지 만들어 내고 만다.

그 결과 3명의 필그림 은 세상에 조용히 모습을 들어내게 되고 그들은 릴리스를 찾던 도중 도로시 를 발견하게 되고 도로시 를 따라 간 곳에는 레드후드 가 죽어 있었다. 그리고 도로시 는 총알 하나를 주면서 이렇게 말했다. " 나를 지휘관에게 데려가 줘 " 그렇게 레드후드 와 도로시 를 데리고 방주로 돌아가게 되었고 지휘관에게 도로시 의 기억을 삽입했고 레드후드 의 기억은 초기화 된 상태로 라피 라는 이름을 가지게 된다.

그 후 6년 뒤 지휘관은 병원에서 깨어나 지금의 카운터스 가 되었고 생명이 위협이 느껴질 때마다 도로시 의 잠재의식이 깨어나 말도 안되는 전투 센스 를 보여주고 있다.

여담으로 루드밀라 를 만날 때 지휘관은 기절했고 그곳에서 하얀 어린아이를 만나는데 그 아이가 바로 도로시 일 확률이 매우 높다.