2012년 6월 15일, 이석기는 "우리나라는 애국가를 국가로 정한 적이 없다"고 주장하였다. 그는 "애국가는 그냥 나라 사랑을 표현하는 여러 노래 중 하나"라고 말하며, "민족적 정한과 역사가 있으므로 아리랑이 실제 우리 국가 같은 것이라고 본다"라고 발언하였다. 

그는 또 애국가는 "독재 정권에 의해서 국가로 만들어졌다"고 주장하고, "애국가 부르기를 강요하는 것은 전체주의"라고 말했다.

 이석기는 통합진보당 당원 모임에서 북한의 군가 중 하나인 '적기가'를 같이 합창한 것으로 밝혀져 논란이 되었다. 

하지만 내란음모 재판과정에서 이석기 의원이 적기가를 불렀다고 볼 수 없다는 것이 드러났다. 

일부 참가자들이 강연 직후 촌극을 준비하는 과정에서 불렀다는 것이 국정원 프락치에 의한 녹취록에서 나온다고 1심 재판부에서 밝힌바 있다.

국정원은 이석기와 경기동부연합 조직원들이 2013년 5월 경기도 용인에서 모임을 갖고 

경기남부지역의 통신시설과 유류시설 파괴를 모의한 것으로 보고 있다. 

또한 국정원은 이석기가 2004년 지하혁명조직 RO(Revolution Organization)를 결성해,

 1년에 1번씩 비밀 회의를 가졌다고' 보며, 압수수색 당일 도피했던 이석기는, 다음 날인 8월 29일 통합진보당의 당 최고위원회에 참석해

 입장을 밝힌 자리에서, "나에 대한 혐의내용 전체가 날조"라며,

 "유사 이래 있어본 적이 없는 진보세력에 대한 엄청난 탄압책동"이라고 발언했다. 

참고로 아래 글에 서술되었지만 RO는 대법원에서 최종으로 실체가 없다는 판결을 받았으며 이는 내란음모 무죄의 근거가 된다.

9월 2일 법무부는 이석기에 대한 체포동의요구서를 국회에 제출했다. 이날 연합뉴스는 체포동의요구서 전문을 언론사 홈페이지에 게재했다. 한국일보는 9월 2일과 3일 이틀에 걸쳐서, 2013년 5월에 있었던 RO모임 녹취록의 요약본을 신문에 보도했다. 9월 4일 오후 3시 법무부가 제출한 체포동의안이, 국회의원들의 과반수 찬성을 얻어 가결되었다. 헌정사상 12번째의 국회의원에 대한 체포동의안 가결이었다. 

다음 날인 9월 5일 구속영장이 발부되었고 이석기는 수원구치소에 수감되었다

. 2014년 2월 17일에 1심 재판부는 이석기에 대한 내란 음모·내란 선동·국가보안법 위반 혐의를 대부분 유죄로 인정하고, 

징역 12년에 자격정지 10년을 선고했지만, 같은 해 8월 11일 2심 항소심에서 서울고등법원 형사9부(부장판사 이민걸)는 지하혁명조직 RO 실체는 인정되지 않고, 합의에 이르렀단 증거가 부족하여 내란 음모 혐의는 인정되지 않는다며, 내란선동혐의만 인정, 징역 9년에 자격정지 7년으로 감형하였다. 2015년 1월 22일 대법원은 항소심처럼 이석기 전 의원에 대해 '내란음모 혐의는 무죄, 내란선동 혐의는 인정'해 징역 9년을 확정했다.

징역 9년 선고에 대해서 술자리에서 농담처럼 할 수 있는 이야기를 한 것 가지고 중형을 내리냐고 하는 사람들이 있는데, 

이석기는 이미 민혁당 사건으로 수배된 바 있으며, 특별 사면을 받고 정계 진출까지 했음에 불구하고 이 같은 언행을 저질렀다. 

일반 범죄도 재범은 크게 처벌한다. 내란 관련 혐의라면 더 이상 말할 필요가 없는 문제다.

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근데 윤석열이 내란죄란다 ㅋㅋㅋ