1. 눈동자 색깔 변화 실험
눈동자 색깔이 화학물질을 통해 변형될 수 있는가를 알아보기 위하여 쌍둥이의 눈에 화학물질을 주입하거나 파란 눈동자를 만들기 위해 파란 물감을 눈으로 주사함
이는 유대인을 아리아 인종으로 바꾸는 실험의 일환이었고 물론 우리가 보는 눈 색은 홍채 자체의 색이므로 유리체에 물감을 주입해도 눈이 파래지지 않고 피험자는 실명당하는 피해를 입어버렸다
2. 외과 생체실험
마취 없는 발치나 늑골 적출, 기타 잔인한 외과 실험들
이러한 과정에서 숨을 거둔 피실험자들의 눈은 그의 수집품이 되었다고 한다
3. 쌍둥이 실험
쌍둥이들을 한 쌍씩 모든 부분의 크기를 재고 기록한 후 한 아이에게 온갖 종류의 독약, 세균, 화학물질 가운데에서 자신의 마음에 드는 것을 골라서 쌍둥이에게 주입한 후 결과가 나타나면 멀쩡한 다른 쌍둥이 아이와 비교, 분석하였다가 아이들을 죽여서 해부한 뒤 장기 등을 골라서 그의 스승인 페르슈허 박사가 근무하고 있던 연구소로 보냈다
4. 가스실 보내기
어느 날은 안경 쓴 사람만 골라 가스실에 넣었다가, 또 어느 날은 키가 큰 사람만 잡아 죽였다가, 또 어느 날은 뚱뚱한 사람만 골라 죽이는 짓을 해댔다
5. 신생아 실험
어떤 날에 임신 8개월의 임산부가 아우슈비츠에 들어오자 이상하게도 임산부에게 생체실험을 하지 않고 살려주었는데 그녀는 아이를 출산한 후 멩겔레가 자신을 살려준 이유를 알았다... 그는 "갓난아이가 아무 것도 먹지 않은 채로 며칠이나 살까?"를 실험하기 위해 그녀를 살려줬던 것이었고 결국 아이는 아무 것도 먹지 못한 끝에 배고픔을 이기지 못하고 아사하고 말았다.
6. 아우슈비츠에 끌려온 사람들 중에서 어떤 아이와 엄마가 떨어지지 않으려고 하자 그 자리에서 즉시 총을 꺼내서 아이를 먼저 쏴 죽이고 그 다음 엄마를 사살했고, 아우슈비츠에 끌려온 어떤 가족을 보자 그는 그 어머니에게 "내가 책임지고 아이들을 맡을 테니까 염려하지 말라"고 친절하게 이야기하며 아이들을 데려갔고 그 아이들은 처참하게 생체실험에 이용된 후에 살해당했다.
7. 쌍둥이들이 정말 뱃속까지 동일한지 확인하기 위하여 쌍둥이 아이들 중 몇 쌍을 선택하여 자신의 실험실로 부른 후 침대에 눕히고 잠을 재운 후 클로로포름을 심장에 바로 주사하여 즉사시킨 뒤 해부했다. 심지어 아이들은 이때까지도 자신에게 잘해주었던 그의 친절한 모습 때문에 "멩겔레 아저씨"라고 말하며 웃으면서 숨졌다. 그는 쌍둥이에 집착하여 쌍둥이의 장기나 혈액을 교환하기도 했고 남녀 이란성 쌍둥이를 근친교배하였다. 특히 그는 샴쌍둥이에 대한 집착을 보여서 평범한 쌍둥이들의 몸의 일부를 자르고 꿰매 인공 샴쌍둥이 비스무레한 것을 만들고 얼마나 살아남는지 관찰하기도 했지만 연결시켰던 정맥이 염증을 일으키면서 아이들의 연결 부위가 썩어들어갔다.
그는 아이들의 믿음을 쉽게 얻기 위해서 실험은 철저히 실험실에서만 하고 밖에서는 절대 냉혹한 모습을 보이지 않았으며 아이들에게 상냥하게 웃어주며 사탕이나 과자를 주는 등 완벽한 이중생활을 했기 때문에 아이들은 순진하게 그를 믿고 요제프 아저씨라고 따르기까지 했다. 그는 그런 아이들을 잘 대해 주고서는 하루 뒤 혹은 12시간 안에 바로 그 아이들을 가스실로 보내거나 실험실로 불러서 해부해 버렸다.
8. 바닷물 주사 실험
731 부대에서 실행했던 바닷물 주사 실험도 했는데 "어떻게 하면 바닷물을 사람이 먹을 수 있도록 만들까?"를 연구하기 위해 바닷물에 여러 가지 방법으로 바닷물을 화학 처리하여 수감자들에게 음식은 며칠 동안 주지 않고 화학 처리 된 바닷물만을 먹게 했다. 당연하지만 인간이 바닷물만 마실 경우 인체에 엄청난 고통을 경험하게 되는데 이 사실을 알면서도 실험한 결과 이용된 모든 사람이 장애를 갖게 되었다.
9. 전쟁터 관련 실험
전쟁 중 상처에 일어날 수 있는 일이라며 정맥, 동맥을 묶어버리는 실험도 했고 결국 그들은 그 부위가 썩어들어가면서 사망했다. 게다가 일부러 상처에 갈린 유리를 문지르고 나무 톱밥을 집어넣는 등의 방법으로 염증을 일으켰으며 독극물이 인체에 끼치는 영향을 보기 위하여 군인들이 일부러 총알에 독을 묻혀서 수감자들에게 부상을 입히는가 하면 수감자들이 모르는 사이 수감자들의 음식에 독을 타기도 했다.
10. 불임 실험
쌍둥이 외에도 그는 특별 임무를 맡기려고 한다며 여성 수감자 중 건강하고 젊은 여자들을 모집했고 지원했던 여성들을 상대로 그의 동료인 호르스트 슈만을 비롯한 자들과 함께 불임 수술, 이른바 X-선 실험을 실시했으며 여성들에게 전기 충격 요법 등을 실험했다.
11. 기압 실험
인간이 얼마만큼 버틸 수 있는지 실험하기 위해 고저압실험을 하고자 수용자들을 고압실과 저압실에 넣고 얼마나 견디는지 그 결과를 측정했다. 이 실험으로 엄청나게 많은 사람들이 사망하거나 평생 장애를 가지고 살게 되었다.
12. 동사 실험
사람이 차가운 물속에서 얼마동안 버틸 수 있는지 알아보기 위해 얼음이 떠 있는 차가운 얼음물 속에다가 사람을 최대 3시간 동안 넣 어둔 후 그 온도가 몸에 미치는 영향, 그리고서는 다시 따뜻하게 만들어서 신체가 제대로 작동하는가를 연구했는데, 당연하게도 동상과 면역력 저하로 인하여 엄청난 사람들이 사망했다.
13. 말라리아 실험
모기가 말라리아를 전파한다는 것을 보고 궁금증이 생기자 말라리아 원충을 가지고 있는 모기를 이용하여 수감자를 전염시킨 뒤 다른 수감자는 주사로 원충을 집어넣어 병의 진행 정도를 연구하였고, 이를 치료하겠다는 명목하에 온갖 종류의 약물과 화학물질을 투여했다. 이 말라리아 연구에는 약 1,000명이 넘는 사람들이 이용되었으며 실험자들의 절반 정도가 사망했다.
11. 왜소증 환자 실험
아우슈비츠에 왜소증 환자들이 실려오자 매우 기뻐하면서 그들을 대상으로 실험하기도 했는데, 유전병의 원인을 찾기 위하여 왜소증 환자들의 골수를 뽑고, 치아를 발치하고, 귀에다 뜨거운 물, 차가운 물을 집어넣는가 하면 눈에 화학물질을 넣어 장님으로 만들었고 한 실험자는 정상인 부모 밑에서 왜소증을 가지고 태어났기 때문에 손가락과 귀에서 피가 뽑히고서 실험에 이용되었다. 나중에 왜소증 환자들이 충분히 있다고 생각한 그는 2명의 왜소증 환자를 죽인 후 물에 삶아서 뼈만 발라내어 전시하기도 했다.
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