이후 여운형은 정계은퇴 선언을 했음에도 끝까지 좌우합작운동을 고수했다. 여운형은 좌우합작으로 통해 미소공위가 합의되면 통일임시정부가 수립될거라고 확신했기 때문에 이 부분은 암살당하는 순간까지 끝까지 고수했다.

박헌영은 김일성 등 북한 측 주요인사들에게 여운형을 욕하며 여운형에 대한 노골적인 적대감을 드러냈다. 박헌영은 김일성에게 "김일성 동지는 여운형을 잘 모른다. 여운형은 대중선동을 좋아하는 야심가이고 철저한 친미주의자며 부르주아 민주주의자다. 여운형이 좌우합작운동을 끄집어내면서 3대 원칙을 제시했는데, 첫 번째로 부르주아 민주주의 공화국을 세운다고 하지 않았느냐. 또 그는 출신 자체가 양반지주 출신이다."라는 식의 서신을 보냈다. 이 때문에 여운형을 추종하는 이들은 박헌영을 당연히 적대적으로 깐다. 여기에는 여운형의 일가가 북한에서 제법 대접을 받고 있다는 정치적 이유도 포함된다.

여운형은 1947년 7월에 암살당했다. 박헌영의 소행이라고 보는 시각도 있는데, 이는 여운형의 딸 여연구가 '종파분자에 의해 암살당했다.'고 증언했던 적이 있었기 때문이다. 여기서 종파분자는 박헌영 계열을 지칭한다. 그러나 여운형 암살이 박헌영 범행이라는 것은 누명이다. 미국 비밀문서는 여운형 암살이 백의사의 범행이라고 말하고 있다.