인류는 약 100년 전(850년 기준으로 107년 전)에 갑자기 나타난 거인들을 피해 삼중의 벽으로 도망친다.

845년에 갑자기 나타난 초대형 거인과 갑옷 거인이 시간시나 구를 포함한 월 마리아를 파괴한다. 에렌의 어머니 카를라 예거 사망. 에렌의 아버지인 그리샤 예거가 거인의 힘(거인화할 수 있는 능력)을 에렌에게 물려줌으로써 자신은 에렌에게 먹혀 죽는다. 에렌은 기억상실 때문에 아버지와 만났던 일을 기억하지 못한다.

847년에 에렌, 미카사, 아르민이 104기 훈련병단에 입단하고 850년에 졸업한다. 850년에 또 다시 초대형 거인이 나타나 월 로제에 있는 트로스트 구의 문을 파괴한다. 주민들을 대피시키고 주둔병단, 훈련병단이 거인들과 싸우는 과정에서 에렌이 아르민을 대신해 거인에게 잡아먹힌다. 잠시 후 에렌은 거인화한 모습으로 나타나 거인을 약 20구를 죽인다.

에렌이 인간인가, 거인인가를 놓고 주둔병단과 대립한다. 에렌이 자신이 거인화가 가능해진 이유가 아버지 때문이라는 것을 기억해낸다. 픽시스 사령관의 도움으로 겨우 그 자리를 벗어나고 에렌의 거인화를 이용해 트로스트 구를 탈환한다. 이 과정에서 에렌의 동기인 마르코 보트가 사망했고 거인 2구를 포획하는데 성공.

에렌의 처우를 두고 심의소에서 재판이 열린다. 결과적으로 에렌은 조사병단의 리바이 병장이 맡기로 한다. 그래서 에렌은 조사병단의 특별작전반, 통칭 리바이 반에 들어간다. 애니 레온하트(헌병단 입단)를 제외한 에렌의 동기들도 조사병단에 입단. 포획했던 거인 2구가 누군가에 의해 살해됨.

조사병단의 신입들 모두 한 달 뒤 벽 외 조사에 참가한다. 이 벽 외 조사에서 엘빈 단장의 궁극적인 목적은 스파이를 포획하는 것이다. 벽 외 조사 도중 거인화한 인간이라고 추정되는 여성형 거인이 출현. 여성형 거인의 목적은 에렌을 데려가는 것.

여성형 거인을 붙잡아 두는데 성공하나 여성형 거인이 '비명'을 질러 일반 거인들이 자신을 먹게 한 후 본체는 탈출한다. 그리고 리바이 반에게 가서 다시 거인화한다. 에렌과 리바이를 제외한 리바이 반 전멸. 여성형 거인에게 빼앗긴 에렌을 리바이와 미카사가 탈환한다.

조사병단이 월 시나의 스토헤스 구에서 여성형 거인 포획 작전을 다시 실행하고 성공했다. 여성형 거인의 본체(알맹이)는 헌병단 소속의 애니 레온하트였다. 애니가 자신을 수정으로 감싸 가두는 바람에 정보를 얻는 것이 불가능해졌다.

벽의 일부가 깨지고 안에 있던 거인의 얼굴이 드러남으로써 벽 안에 거인들이 있다는 사실(벽이 거인들로 만들어졌다는 사실)이 밝혀진다. 월교의 말에 따르면 벽의 비밀을 말할 수 있는 자는 크리스타 렌즈 뿐이라고 한다.

104기 병사들 중에 초대형 거인과 갑옷 거인의 알맹이가 있을 거라고 짐작한 조사병단은 104기 병사들을 무장 해제한 채로 있게 한다.

월 로제 안에 거인들과 짐승 거인이 나타나고 코니의 마을에서 코니의 엄마를 닮은 거인이 코니의 집에 누워있는 것이 발견된다. 미케를 제외한 남반(코니,라이너,베르톨트 소속), 그리고 서반(크리스타,유미르 소속)은 우트가르드 성으로 피신한다. 상관들은 거인들과 전투하다가 전멸. 유미르가 거인화 가능한 인간이라는 것이 밝혀졌다. 크리스타의 본명(히스토리아 레이스)이 밝혀졌다. 후에 조사병단(리바이,한지,에렌,미카사 등)의 지원으로 우트가르드 성에서 탈출.

라이너와 베르톨트가 자신들이 갑옷 거인, 초대형 거인이라고 밝힌다.

에렌과 유미르는 라이너와 베르톨트에게 납치된다. 조사병단은 헌병단, 주둔병단까지 동원해서 에렌 탈환 작전을 실행했고, 성공했다. 하지만 그 과정에서 실력 있는 병사들이 거의 전멸, 엘빈은 오른팔을 잃었고 한네스는 죽었다. 그리고 에렌의 좌표 능력(거인을 조종하는 능력)이 밝혀진다.

조사병단이 현재 왕(프리츠)이 아닌 레이스 가가 진짜 왕가라는 것을 알게 되고 쿠데타를 일으킨다. 히스토리아 레이스를 여왕의 자리에 앉힘으로써 쿠데타가 성공했다. 쿠데타 과정에서 에렌이 경질화 능력(여성형 거인처럼 몸의 일부 혹은 전체를 단단하게 만드는 능력)을 얻는다.

월 마리아 탈환 작전을 실행한다. 에렌이 경질화 능력을 사용해서 벽의 구멍을 메꾼다. 하지만 그 직후 베르톨트(초대형 거인)와 라이너(갑옷 거인), 그리고 지크 전사장(짐승 거인)에 의해 엄청난 피해를 입는다. 아르민이 희생함으로써 에렌이 베르톨트를 잡는 데 성공한다. 빈사 상태인 엘빈과 아르민 중 누구를 거인화 주사로 살릴지 다투다가 결국 엘빈은 사망, 아르민이 베르톨트를 먹고 거인의 힘을 얻는다.

에렌의 생가 지하실에 들어가서 책 세 권을 발견. 책에는 사진 한 장이 있었다. 그리샤가 자신이 벽 밖에서 왔다고 밝히고, 벽 밖에서 있었던 일들과 자신이 벽으로 오게 된 이유 등을 적어놓았다. 그리고 에렌이 그리샤의 기억을 통해 벽 밖에서의 일들을 보게(?) 되는데 그리샤가 책에 쓴 내용과 에렌이 본 그리샤의 기억을 종합하면 다음과 같다.

그리샤는 여동생 페이와 함께, 허락 없이 가면 안되는 곳에 갔다가 '마레 치안 당국' 남자들에게 발각되는 것이 계기가 된 사건으로 페이를 잃게 된다.
그리샤의 아버지가 역사에 대해 설명해주는데 그 내용은 다음과 같다.
시조 유미르 프리츠는 1820년 전(이 때 기준으로) 대지의 악마와 계약해 거인의 힘을 얻었다.(뒷내용에 따르면 이게 사실이 아닐 수도 있다고 합니다. 한마디로 유미르가 어떻게 거인의 힘을 얻었는지 아무도 모릅니다.)
유미르는 그 후 에르디아 제국을 건설했고 마레를 멸망시켰다. 사후에도 아홉 거인에게 영혼을 나눠주었다.
하지만 마레의 내부 공작으로 인해 에르디아가 약화되고, 마레는 아홉 거인 중 일곱을 수하로 거느리고 80년 전(이 때 기준으로) '거인 대전'에서 승리했다. 에르디아인들은 파라디 섬으로 도망치게 된다. 에르디아의 왕(프리츠 왕)은 그 섬에 삼중의 벽(월 마리아, 월 로제, 월 시나)을 세운다.
섬에 들어가지 못하고 대륙에 남겨진 에르디아인들은 마레 정부의 지배 아래에서 살게 되고 그리샤 역시 이 에르디아인에 속한다. 마레 정부는 죄를 지은 에르디아인들에게 거인화 약을 주입해 파라디 섬을 영원히 떠도는 식인거인으로 만든다.(이걸 '낙원행'이라고 부른다)
그리샤는 18살에 에르디아 복권파에 들어가 복권파를 이끌게 된다. 마레 정부에 에르디아 복권파의 스파이인 '올빼미(별칭)'가 있다고 한다. 그리샤는 복권파에 속한 '왕가의 피를 잇는' 여자인 다이나 프리츠와 결혼해 아들 지크를 낳는다.(이 지크가 지크 전사장입니다) 그리샤는 지크를 마레의 전사(파라디 섬으로 보내는 스파이)로 만들어 마레가 얻으려는 '시조 거인'을 얻으려는 계획을 세우지만 지크가 에르디아 복권파를 마레 정부에 고발한다. 에르디아 복권파는 낙원행 벌을 받게 되는데 그리샤만 남은 상황에서 옆에 있던 마레 정부의 남자가 자신이 '올빼미'이고 자신 역시 에르디아인이라고 밝힌다. 올빼미의 이름은 '에렌 크루거'이다. 크루거는 그리샤에게 '시조 거인'을 탈환하라는 임무를 주고 자신이 갖고 있던 거인의 힘을 계승시킨다. 그리샤는 거인화해서 벽에 도달했고 카를라를 만나 에렌을 낳았다. 그리고 레이스 가에게서 '시조 거인'을 탈환한 후 에렌에게 거인의 힘을 계승시켰다.
아홉 거인에게는 저마다 이름이 있는데 크루거가 그리샤에게, 그리샤가 에렌에게 계승시킨 이 거인의 이름은 '진격의 거인'이다. 그리고 거인의 힘을 가진 사람의 수명은 13년이고 힘을 계승시키지 않고 죽을 경우 에르디아인의 아기에게 갑자기 계승된다.

에렌과 미카사가 병기 위반의 벌을 받다가 나온다. 히스토리아 여왕이 트로스트 구에 행차. 여왕 폐하를 알현하러 간다. 히스토리아가 유미르의 편지를 읽는다. 편지에는 유미르의 과거가 적혀 있다. 세 병단이 회의를 한다.

에렌이 그리샤의 기억을 본다. 크루거의 말로는 마레 내에서 '에르디아인들을 군사 전용으로 남길 것인가, 근절시킬 것인가' 하고 의견이 갈렸다고 한다. 그리고 벽 안 왕은 시조 거인과 부전의 조약을 맺었다고 한다.

크루거가 그리샤에게 벽 안에서 가정을 꾸리라고 말하고 미카사와 아르민의 이름을 언급한다.

세 병단이 회의를 통해 모든 사실을 사람들에게 알리기로 결정, 신문 기사의 형태로 공표했다.

조사병 9명이 히스토리아 여왕에게서 훈장을 받는다. 그 과정에서 에렌이 히스토리아와 접촉을 하게 되고, 또 다시 그리샤의 기억을 본다. 그리샤가 레이스 가문을 찾아갔을 때의 기억이다. 그리샤는 바로 시조 거인을 빼앗지 않고 레이스 왕(프리다)에게 침입한 거인들을 무찔러 달라고 부탁했다.

851년. 월 마리아 내의 거인들이 모두 소탕되고 월 마리아에 다시 사람들이 거주하기 시작했다. 조사병단은 6년 만에 월 마리아 밖으로의 벽 외 조사를 나갔다. 월 마리아에 대부분의 거인들이 들어와 있었던 거라서 거인과 별로 마주치지 않았다. 그리고 마침내 바다에 도착했다.