보성 바다목장의 주요 수산자원인 꼬막 (Tegillarca granosa)과 새꼬막 (Anadara kagoshimensis)의 자원량을 가름할 수 있는 중요 기초자료인 부유유생량의 변동량을 파악하고자, 2018년 6월부터 9월에 보성 연안해역의 4개 지역 (대포, 장도, 상진, 대촌)에서 이매패류 부유유생 시료를 채집 후 metagenomic Next Generation Sequencing으로 분석하였다. 특히 꼬막과 새꼬막의 부유유생기로 추정되는 8월에 주 2회 집중조사를 실시하였다. 보성 연안해역에서 총 21종의 이매패류 부유유생이 확인되었으며, 이중 구마모토굴 (Magallana sikamea), 왜홍합 (Xenostrobus atratus), 종밋 (Musculista senhousia), 참굴 (Magallana gigas), 가리맛 조개 (Sinonovacula constricta), 새꼬막, Kurtiella aff. bidentata 그리고 꼬막이 중요 부유유생으로 관찰되었다. 특히, 보성연안해역의 주요 수산자원인 새꼬막과 꼬막은 각각 이매패류의 0.51∼12.50% (평균 4.00%), 0.01∼12.50% (평균 1.92%)의 구성비율을 차지하며 다른 이매패류보다 낮은 출현량을 보였다. 꼬막과 새꼬막의 부유유생은 6월부터 9월까지 관찰되었으나, 각각 8월초와 8월말에 가장 높은 출현율을 보였다. 이매패류의 부유유생은 성패 (양식자원)에 직접적인 영향을 미치고 있어, 부유유생을 포함한 생활사에 관한 연구는 자연 채묘량의 증대와 인공종묘의 생산을 위해서 매우 중요하다. 이에 본 연구에서는 형태학적으로 동정이 어려운 꼬막 및 새꼬막 부유유생을 상대적인 출현량 및 그 출현시기를 파악하였으며, 이는 국내의 꼬막 및 새꼬막 양식산업과 종패생산기술의 중요 기초자료로 사용되어, 양식장의 관리 및 안정적인 생산성 향상에 기여할 수 있을 것으로 판단된다.