건국대 김재범 교수팀, 유전체 집단분석 프로그램 'PAPipe' 개발

메디먼트뉴스

2024.03.12 21:00:05

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김재범 교수 연구팀이 개발한 집단유전체 분석 프로그램인

[메디먼트뉴스 박민우 기자] 건국대학교 KU융합과학기술원 김재범 교수(의생명공학과) 연구팀이 집단유전체 분석 프로그램인 'PAPipe'를 개발했다.

집단유전체 분석은 특정 집단을 구성하는 많은 개체의 방대한 양의 유전체를 상호 비교해 유전체 변이와 특이 형질 간의 연관성을 밝혀내는 작업이다. 그러나 분석해야 하는 유전체 데이터의 양 및 다양하고 많은 분석 과정과 그 복잡성 때문에 생물정보학에 익숙하지 않은 연구자들이 활용하기 어렵다.

이에 김재범 교수 연구팀이 개발한 'PAPipe'는 컴퓨터를 활용한 집단유전체 빅데이터 분석에 익숙하지 않은 많은 연구자들도 유전체 집단 분석을 쉽게 수행할 수 있도록 한다.

PAPipe를 활용하면 집단유전체 빅데이터에 대한 다양한 전처리 작업, 참조유전체에 대한 매핑 작업, 유전체 변이 발굴 작업, 그리고 이를 이용한 다양한 분석을 자동으로 수행할 수 있다. 이는 집단유전체 분석의 진입 장벽을 낮춰 많은 연구자들이 연구 대상 집단유전체의 다양한 특성을 탐색하고 이해하는데 크게 기여할 것으로 기대된다.

이번 연구 결과는 'Molecular Biology and Evolution(IF=10.7, 상위 5%)'에 게재됐으며, 생물학연구정보센터(BRIC)의 '한국을 빛내는 사람들'에도 소개됐다. 해당 논문의 제1저자는 건국대 의생명공학과 생물정보학연구실의 박나영 박사과정생이며, 이번 연구는 과학기술정보통신부의 지원으로 수행됐다.

한편 PAPipe는 온라인(https://github.com/jkimlab/PAPipe)에서 오픈 소스로 공개됐다.

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