모든 항우울제가 정도의 차이는 있지만 항무스카린성 작용을 보이며(방광 배뇨근 내의 무스카린 수용체들을 차단하여 방광 배 뇨근의 수축을 감소시킴으로써 효과를 나타냅니다), 그 중 가장 항무스카린성 효과가 적은 항우울제는 desipramine입니다. MAOI의 경우 항콜린성 효과는 없지만 약물의 부작용이 항콜린성 부작용과 유사하게 나타날 수 있습니다. 가장 흔한 항콜린성 부작용은 구갈, 집중력 저하, 변비, 배뇨장애 등입니다. 일부 항우울제는 경련을 일으킬 수 있는데, 위험요소가 없는 환자에게 적정용량의 항우울제를 사용했을 때 나타날 수 있는 간질발작의 빈도는 대략 1% 미만입니다. 이 때 고려해야 될 위험요인에는 항우울제 혈중농도, 간질의 기왕력 및 가족력, 기질성 뇌장애, 술이나 다른 약물의 남용, 다른 약물과의 병용 등이 포함됩니다. 경련발작의 위험은 대개 약물의 용량에 비례해서 증가하며, fluoxetine, sertraline,trazodone, MAOI는 경련발작의 가능성이 가장 적은 약물입니다. 기립성 저혈압은 삼환계 항우울제와 trazodone,MAOI에서 흔하게 나타나는 부작용입니다. 염분이 부족할 때 저혈압이 나타날 수 있으므로 특별한 경우가 아니라면 식사시 염분제한을 하지 않도록 하는 것이 바람직합니다. Fluoxetine은 일부 환자에서 불안증상이나 수면장애를 악화시킬 수 있습니다. 이때, 불안증상은 항우울제를 보다 적은 용량으로 사용하면 방지됩니다.