과거 남한사회주의노동자동맹(약칭 사노맹)이라는 반국가단체에서 활동해[20] 국가보안법 위반 전과가 있다. 이 단체는 무장봉기 혁명으로 사회주의 국가를 건설하자는 목표 아래 전국 규모의 조직을 만들었다. 조국은 1993년 울산대학교 법학과 전임강사 시절에 이 사건에 연루돼, 1994년 6월 1일 대법원에서 국가보안법 위반 혐의로 징역 1년에 집행유예 2년을 선고받았다.

공안검사 출신으로 해당 분야의 전문가인 황교안 자유한국당 대표는 "사회주의 혁명 달성을 목표로 폭발물을 만들고, 무기 탈취 계획을 세우고. 자살용 독극물 캡슐까지 만들었던 단체"라며 "국가 전복을 꿈꾸는 조직에 몸 담았던 사람"이라고 비판하였다. # #

반면 여당에서는 공안검사의 철 지난 색깔론이라며 조 후보자를 엄호했고, 장제원 의원은 "민주화 운동은 군사정권 하에서 민주주의를 외친 것이고 사노맹 사건은 민주화 이후에 사회주의 건설을 위한 폭력 혁명 조직을 만든 것"이라고 반박했다. 그러면서 "문화체육관광부나 여성부 장관 등 다른 장관은 할 수 있다고 본다"면서도 "실정법을 위반한 사람이 법치를 구현하는 법무부 장관을 하는 것은 맞지 않다"고 발언했다. #

일단 판결을 바탕으로 팩트체크를 해보면, 사노맹이 반국가단체이자 국가 전복을 꿈꾸는 조직이며 조국이 이에 동조한 것은 팩트다. 1심부터 3심까지 모두 "국가의 존립·안전을 위태롭게 하거나 헌법의 대전제인 자유민주적 기본질서를 파괴하려는 단체로서 국가보안법 제2조 제1항 소정의 국가 변란을 목적으로 하는 반국가단체에 해당한다"고 판결했다. 2심은 "(조 후보자가) 사과원이 사노맹의 활동에 동조할 목적인 가진 단체라는 사실을 확인하고서도, 반국가단체인 사노맹의 활동에 동조할 목적으로 사과원에 가입했다"라고 판결하기도 했다. 그리고 조국이 활동했던 사노맹 산하 기구인 '남한사회주의과학원'의 경우 1심은 반국가단체로 봤지만 2심과 3심은 이적단체라고 보았다.[21] 다만 황교안의 발언 중 "폭발물을 만들고, 무기 탈취 계획을 세우고. 자살용 독극물 캡슐까지 만들었던 단체"라는 부분은 안기부 발표에만 있었던 부분이고 판결에는 없었던 내용이다. #

조국 본인은 "할 말이 많지만, 인사청문회에서 충분히 답하도록 하겠다"고 대응했다. # 또한 "사과원이라는 단체에 가입한 사실은 있으나 활동 방식 등에 회의를 품고 자진탈퇴했으며 국가변란 또는 반국가적 활동에 직접 관여한 바 없다는 사실이 항소심 판결문에 적시돼 있다"고 해명하기도 했다. #