진보적 성향을 기반으로 사회적 목소리를 내는 가톨릭 사제들의 단체이다. 50년이 다 되어가는 긴 활동 연혁과 한국 근현대사, 특히 민주화운동사에서의 역사적 비중에 비해 규율이나 조직 체계는 느슨하다는 이야기가 있다. 사제들 중 뜻을 함께 하는 이들이 모여 적당한 장소에서 매주 회의와 토론을 갖는 것이 평소 정규 활동의 거의 전부고, 정해진 사무실도 없고 회비도 없다. 따로 가입이나 탈퇴 절차가 있는 것도 아니다.

교구 사제들은 자신의 교구의 주교에게 순명할 의무가 있지만,[3] 정의구현사제단이 사회 이슈마다 관여하는데 우려를 표한 김수환 추기경부터 정진석 추기경, 염수정 추기경에 공개적으로 반박하는 등 마찰이 드러난 것도 사실이다. 다만, 어떤 주교와 다른 의견을 표명하는 것 정도를 가지고 교회에서 불순명을 운운하지는 않는다.[4]

"(교회의 현실 개입은) 정당정치에 관여하지 말고 십계명과 복음서를 기반으로 한 위대한 정치에 참여하는 겁니다."[5]라는 프란치스코 교황의 발언이 있으며, 이러한 기조로 정의구현사제단이 정당정치에 과도하게 참여한다는 비판적 의견이 있다.[6] 다른 한편, 정의구현사제단의 활동은 특정 정당 및 정치인에 대한 지지를 앞장세우기보다는 가톨릭 교회의 가르침인 평화와 생명의 가치, 또 가톨릭 교회가 긍정하는 민주주의와 환경 보호를 명분으로 하고 있으므로 정당정치에 직접 관여한다고 볼 수는 없다는 의견 또한 있다.[7]

세간의 일각에서는 정의구현사제단이 천주교와 종교계 전체를 대변한다고 오해를 하기도 한다. 정의구현사제단이 역사적으로 여러 시국 시위에 전면에 나서면서 높은 인지도를 쌓았기 때문이다. 그러나, 진보 성향의 주교로 꼽히는 강우일 前 제주교구장 주교가 밝혔듯 정의구현사제단은 한국 천주교회 중에서도 소수 중의 소수이다.[8][9] 이러한 교회의 입장에 대해 교회의 정치적 편향성을 가리려는 의도가 있다며 비판을 하는 사람도 있다. 하지만, 한국 천주교 내부의 정치적 스펙트럼은 다양하여 특정 정치적 입장이 교회의 주류로 자리잡을 수는 없는 점이 사실이다.🔟 당장 한국천주교주교회의의 구성원인 한국 천주교 주교단 내부에서도 진보적 성향으로 알려져 있는 주교들도 여럿 있는 동시에 보수적 성향으로 알려져 있는 주교들도 여럿 있다. 즉, 정의구현사제단은 한국 가톨릭 내의 일부라고 할 수 있는 진보성향을 가진 성직자, 수도자, 평신도 중에서도 일부분이라고 할 수 있다.

  자세한 내용은 천주교정의구현전국사제단/활동 역사 문서 참고하십시오.

정의구현사제단은 대표 사제 외에 소속 신부의 명단을 밝히지 않아, 익명성에 기댄 정치단체라는 비판을 피하기 어려운 점이 있다. 그러나 이는 상술된 정의구현사제단의 느슨한 조직 구성으로 인해 애초에 소속 신부를 엄밀히 규정하기가 애매하다는 점이 원인일 가능성이 있다.


이명박, 박근혜, 윤석열 정부 등 보수 정당이 집권했을 때만 시국미사를 하여 정치적 편향성이 크다는 의견이 있다. 뉴스 정의구현사제단의 정치적 편향성은 교회 안팎의 보수 진영을 중심으로 많은 논란이 있는데, 이에 대해 추기경들 중 일부와 정구사 초기 결성 멤버들 중 일부가 우려의 내었다는 이야기가 있다. 이에 대해 함세웅 신부 등 정의구현사제단 소속 신부들이 반박하면서 파열음이 교회 외부로 퍼지기도 했다.

이 밖에도, 정의구현사제단 소속 신부의 성추행 사건이 있었다.

  자세한 내용은 천주교정의구현전국사제단/비판 및 사건사고 문서 참고하십시오.