경동고 졸업 후 농협 야구단에서 활약했으며, 국제대회에서 보여준 뛰어난 활약으로 몇 번이나 일본 프로야구에서 스카웃 제의가 있었지만 당시 강하게 남아있는 반일감정 등의 이유로 번번히 무산되었다. 

그러던 와중에 타이완 아시아 야구선수권 준우승을 치하하기 위해 대한체육회에서 개최한 환영회에 선수단이 참석했는데 당시 대한체육회장이자 박정희 군사정권의 실세이던 이주일 준장이 연회 도중 백인천에게 야구하면서 애로사항이 없느냐라고 묻자 기다렸다는 듯이 "일본으로 가고 싶은데 좀 도와주십쇼!!"라고 당돌하게 답했다. 

사실 백인천은 선수권을 마치고 타이완을 떠나 일본에서 한국행 비행기를 기다리던 중에, 한 재일교포 야구인의 주선으로 도에이 플라이어즈의 미즈하라 시게루 감독과 구단 관계자를 만나 가계약을 맺은 상태였다. 이에 당시 야구협회장이 펄펄 뛰며 반대하자 이 준장은 오히려 "이런 젊고 훌륭한 선수가 해외로 나가 많은 것을 배워야 한다!"면서 신문에 여론조사까지 의뢰했고, 결과는 80%의 국민이 백인천의 일본 진출에 찬성하는 것으로 나왔다. 

결국 백인천은 일본식 이름으로 개명하지 않고 나중에 돌아와 병역의무를 완수한다는 조건 하에 일본으로 건너가게 되었다.

1969년 병역 문제가 끓어올랐다. 당시 한국 남성은 20세부터 3년간 병역 의무가 있어, 현재처럼 국제 스포츠 대회에서 좋은 성적을 올린 선수에 대한 병역 면제도 없었다. 백인천의 도에이 구단 입단도 ‘2년 후 병역을 마친다 ’는 조건이 붙어 있었다. 일본에서의 활약으로 입대가 연기돼 있었을 뿐이었다. 

한국에서는 병역기피를 노린 국회의원의 아들들의 해외유학이 사회문제로 떠올라 강제 귀국시키려는 움직임이 일었다. 백인천을 일본으로 내보내는 형국이 된 박정희 정권은 ‘특례를 인정해주면 어떤가’라는 비판의 소리도 듣고 있었지만 대통령 선거를 앞두고 부담을 느낀 나머지 백인천을 소환시킬 수밖에 없었다. 

결국 백인천은 시즌을 마치고 귀국, 27세의 나이에 육군에 입대했다. 다시 일본 땅을 밟은 것은 이듬해인 1971년 5월1일, 박정희가 대통령 선거에서 3선에 성공한 다음이었다. 그러나 제대를 한 것은 아니었고 남은 병역기간(2년반) 동안 당시 한국중앙정보부(KCIA) 소속의 군인신분이었다. 일본 의회에서는 ‘다른 나라 첩보기관 소속의 사람이 어떻게 공공연하게 플레이를 할 수 있는가’하는 논란이 생겼고, 신문기자들에게도 이 일이 알려져 부담을 느낀 백인천은 그 해 타율 2할3푼8리로 부진했다.