이기론은 도가와 불교의 문제의식을 포용한 주돈이의 태극도설에서 유래한다. 여기서 가장 중요한 말은 무극이태극無極而太極이란 구절인데, '무극'과 '태극'의 관계를 규정한 이야기이다. 여기서 주자는 무극을 무한한 궁극자, 태극을 존재의 거대한太 궁극자로 읽어 무극=태극이라는 주장을 했다. 반대로 무극에서 태극이 발생한다는 해석은 '도대체가 없는데서 있는게 만들어진다니 불교적 냄새가 난다'며 거부했다. 참고로 이 해석을 수용하는 게 육구연과 그를 계승한 왕양명의 양명학이다. 이것 때문에 성리학에게 '양명학은 귀신놀이하는 불교랑 똑같다'라는 비난을 받은 것.

이 태극이 움직이면서 음양을 낳고 음양이 오행을 낳으며 만물을 만들게 되는데, 주돈이는 여기서 태극이 리理이고 음양오행이 기氣라고 주장한다. 이를 송나라의 다양한 학자들이 해석하며 이기론의 기초를 낳았다. 주돈이의 제자였던 정호 · 정이 형제는 천리와 각각 이기이원론과 기일원론을 주장하고, 장재는 기를 주인공으로 '태허에 기가 있었다'는 태허지기太虛之氣를 주장한다.

이런 이론적 흐름을 주희가 종합해, 주자는 리를 비교적 더 근원적으로 파악하고 기를 만물의 다양한 요소로 산재해 있다고 주장한다. 이를 '모든 사물의 개별적인 이는 보편적인 이와 같다'는 정이의 이일분수理ㅡ分殊를 가져온다. 주자는 그러나 여기에 "이와 기는 섞이지 않는다"는 이기불상잡과 "이와 기는 분리되지 않는다"는 이기불상리를 더하면서 기를 이에 꿀리지 않은 조연으로 끌어올려 이기이원론을 완성한 것이다.