1509년 정6품 이조 좌랑 남희백(南希伯)의 아들로 태어났다.

소년 시절 고향 울진의 불영사에서 신승을 만나 비결을 전수받고 전국 각처의 명산을 돌아다니며 수련한 끝에 천문·역학·관상·복서 등 비결에 달통했다고 전한다.


젊어서 장차 전란을 일으킬 도요토미 히데요시의 탄생을 천기로 보았다는 이야기도 있다. 그래서 전란을 두려워하여 율곡 이이와 십만양병설을 만들었다고 비약하는 이야기도 있다.


명종대에 이미 선조대에 일어날 동서분당(붕당정치)와 임진왜란을 예언했다는 이야기가 구전된다. 특히 임진왜란에 대해서는 "백마를 탄 자가 임진년에 남쪽에서부터 침략해 오리라."라고 예언했는데 가토 기요마사가 백마를 타고 다녀서 정확하게 적중했다는 이야기가 있다. 또 전쟁이 용의 해인 임진년(1592년)에 일어나면 나라가 망하지 않겠지만 다음 해인 뱀의 해 계사년(1593년)에 일어나면 망할 것이라는 예언을 하기도 했다고 한다.


풍수지리에도 능하여 조선의 수도인 한성의 한산과 한수가 다골다탄(多骨多灘)의 지세이므로 골육상쟁의 화가 잦을 것이라고 했다는 이야기가 전하며, 명종에게 "내년에는 태산을 봉하게 될 것입니다"라고 예언했는데 정말로 이듬해 한강에서 크고 괴상한 물고기가 잡히는 해괴한 사건이 터지고(윤원형 항목 참고) 3일 있다가 문정왕후가 죽어 태릉에 장사지내 그의 예언이 적중했다고 한다.


또한 난리를 피할 수 있는 열곳의 살만한 곳을 지적한 소위 십승지를 설파하기도 했는데 공주(公州)의 유구(維鳩)와 마곡(麻谷), 무주(茂州)의 무풍(茂豊), 보은(報恩)의 속리산(俗離山), 부안(扶安)의 변산(邊山), 성주(星州)의 만수동(萬壽洞), 봉화(奉化)의 춘양(春陽), 예천(醴川)의 금당곡(金唐谷), 영월(寧越)의 정동상류(正東上流), 운봉(雲峰)의 두류산(頭流山), 풍기(豊基)의 금계촌(金鷄村) 등이라 한다.