볼모 생활을 하며 쇠퇴해가던 원나라의 모습을 몸소 느낀 공민왕은 이를 고려의 자주성을 회복할 기회로 보았고, 즉위하자마자 대대적인 반원(反元) 정책을 펼쳤다.

공민왕은 그 첫 신호탄으로 병신정변을 일으켰다. 무신들의 회의 기구이자 권력 독점의 기반이었던 정방을 혁파했고, 이름만 남아 있던 정동행중서성(征東行中書省)을 대부분 폐지했다. 그리고 원에 굴복한 이후 상실한 동북 지역의 영토인 쌍성총관부를 무력으로 수복했으며 이때 이자춘 - 이성계 부자가 고려에 귀순했다. 동시에 '원 세조 쿠빌라이 칸이 정한 원칙인 세조구제(世祖舊制)를 기철 일파가 어겼다'는 걸 명분 삼아 부원배들을 숙청하며 기철 일가 대부분을 처형했다. 하지만 그 탓으로 북쪽 지역에서 원나라 장군이자 요동의 군벌이었던 나하추가 침입했으며, 오빠 기철을 죽인 데 앙심을 품은 기황후가 원 혜종을 설득해 덕흥군 왕혜를 왕으로, 조카 기삼보노(奇三寶奴)를 세자로 즉위시키기 위해 최유를 시켜 침공해오기도 했다.

이후 공민왕은 찰리변위도감을 전민변정도감으로 다시 세워 기철 일당이 수탈했던 인구와 토지를 재빠르게 정리했으며, 원의 연호와 관제 사용을 폐지하며 원의 풍속인 변발과 호복 또한 전면 금지했다.